La Carta de Derechos del Contribuyente fue creada por la Reforma Contributiva del 1994 (véase: Exposición de Motivos de la Ley 168 de 1999) y actualmente está consagrada en la Sección 1001.01 del Código de Rentas Internas de Puerto Rico del 2011, anteriormente la Sección 5002 del CRI PR 1994. Esta sección es una de las más importantes del Código debido a que desglosa los derechos que tiene todos los contribuyentes cuando tiene comunicación o cualquier asunto con el Departamento de Hacienda. Esta sección es regulada por el Reglamento 9044 del Departamento de Hacienda.

Esta carta describe 15 derechos fundamentales que tiene todo contribuyente. A continuación, la lista de todos los derechos (Sección 1001.01(a) – (q)):

1. Recibir un trato digno, considerado e imparcial por parte de todos los funcionarios y empleados del Departamento en cualquier gestión que realice en el Departamento.
2. Que se le garantice la confidencialidad de la información sometida al Departamento por el contribuyente o persona autorizada a actuar como su representante ante éste. Ninguna persona ajena al Departamento que no esté autorizada por el contribuyente, a menos que expresamente lo permita el Código de Rentas Internas para un Nuevo Puerto Rico, tendrá acceso a dicha información. El contribuyente, además, tiene derecho a saber el propósito para el cual se le solicita dicha información, el uso que se le dará y las consecuencias de no facilitar la misma. En el caso de información solicitada por el Departamento incidental a una investigación con el fin de determinar la responsabilidad contributiva del contribuyente, dicha información será utilizada únicamente para dichos fines, y sólo se le solicitará la información que sea pertinente al caso que se esté investigando.
3. Requerir que toda entrevista que se lleve a cabo deberá ser a una hora y en un lugar razonable, en coordinación con el oficial o empleado del Departamento.
4. Que la entrevista o investigación no sea utilizada para hostigar o intimidar de forma alguna a la persona entrevistada.
5. Recibir al inicio de una investigación administrativa una explicación en términos claros y sencillos del proceso al cual va a ser sometido y los derechos que le asisten.
6. Ser asistido por un abogado, contador, contador público autorizado, o cualquier persona autorizada a representar contribuyentes registrados ante el Departamento, o autorizado en ley, sujeto a lo que se dispone más adelante en el apartado (n) de esta Sección.
7. Ser informado con anterioridad a la entrevista, investigación, vista administrativa o cualquier otra gestión sobre la intención de grabar la misma y de que se le provea, a su solicitud, una copia exacta de dicha grabación previo al pago del costo de la misma.
8. Ser notificado por escrito de la naturaleza de su responsabilidad contributiva como parte de los procedimientos que se lleven a cabo en el Departamento con el fin de determinar dicha responsabilidad.
9. En caso de investigaciones por posibles violaciones de carácter criminal, ser advertido de su derecho a no incriminarse mediante su propio testimonio, a guardar silencio y a que no se tome en cuenta ni se comente en su contra.
10. Consultar en cualquier momento durante la entrevista o procedimiento contributivo a un abogado, contador público, o agente autorizado a representarlo ante el Departamento, o finalizar la entrevista aún cuando ésta haya comenzado.
11. Ser notificado por escrito de cualquier ajuste realizado por el Departamento como resultado de una investigación contributiva cuando ésta conlleve añadir intereses, penalidades y recargos según lo estipulado por ley, así como la cantidad exacta del ajuste y los fundamentos para dichos cambios.
12. Pagar la contribución que le corresponda de acuerdo a la ley; de no poder pagar en su totalidad en el tiempo que le corresponda, tendrá derecho a que pueda acogerse a un plan de pago.
13. Renunciar a los derechos descritos en los apartados anteriores si esta renuncia se hace voluntariamente y a sabiendas.
14. Otorgar un poder escrito a cualquier persona autorizada a representar contribuyentes registrada ante el Departamento, o autorizada en ley, para que lo represente durante una entrevista o procedimiento contributivo, el cual recibirá para propósitos de la entrevista o procedimiento, un trato igual al del contribuyente. El Departamento notificará al contribuyente de cualquier retraso o negligencia por parte del representante relacionado con la investigación, de modo que el contribuyente esté en posición de tomar las medidas correctivas que estime necesarias para proteger sus intereses.
15. Que no se discrimine por motivo de raza, color, sexo, nacimiento, origen o condición social, ni ideas políticas, religiosas o de asociación de cualquier contribuyente o persona que lo represente. Se le garantizará el no mantener expedientes que contengan información contributiva para dichos propósitos.

Cualquier violación de parte del Departamento de Hacienda de alguno de estos derechos es investigada por la Oficina de Protección del Contribuyente. Una de las funciones de esta Oficina es velar por el cumplimiento de la Carta de Derechos del Contribuyente (Sección 1010.02(a)(1)).